Pablo IV, el pontífice que publicó el primer Índice de libros prohibidos, exhala su último suspiro. La Ciudad Eterna despierta en medio de una profanación y una brutalidad nunca antes vista mientras asombrosos sucesos sin precedentes tienen lugar en las soberbias calles romanas. Si bien parece que nadie toma consciencia de estos últimos acontecimientos, el cardenal camarlengo encarga a Raphael Dardo, un agente secreto del duque Cosme I de Médici, que dirija una investigación alrededor de estos hechos. Para recuperar su libertad y salvar su vida, Raphael tendrá que resolver el caso antes de que dé comienzo el cónclave que elegirá al nuevo pontífice. Con la ayuda de un brillante alquimista, dos hermosas y astutas cortesanas, e incluso el gran maestro Miguel Ángel, Raphael inicia una búsqueda que lo llevará tras la pista de un libro: el más antiguo, singular, misterioso y peligroso que jamás se haya escrito. Los pocos que saben de su existencia lo llaman Códice de los Milagros, y guardan sus secretos a toda costa...